個人事業主に人気のfreeeであるが、freeeを利用して電子申告するだけでは申告が完結しない場合がある（2018年2月22日現在）。
例えば、次のような場合である。
・消費税の課税事業者　…　消費税申告は、紙で出力して郵送するか、e-taxソフトを利用して電子申告する。
・配偶者以外の扶養親族が4名以上　…　freee上で登録できないため、紙で出力して加筆の上郵送するか、e-taxソフトを利用して追記して電子申告する。